朱由校处理完这些事情后，随后一些日子便是在处理朝政，对于朝政来说，朱由校并不陌生。
在外人看来似乎朝政都是被魏忠贤掌握，但是实际上，不少事情朱由校都会过问的，至于魏忠贤和东林党的争斗，他是睁一只眼闭一只眼。
这时皇权与相权斗争的延续，荒地要从臣子的手中夺回自己的权力。
朱由校看着奏折，魏忠贤就在一旁伺候着。
山东地方上奏折，朱由校便派出御史杨方盛巡按山东。
山西道御史陈朝辅上奏弹劾阁臣冯铨，这其实是崔呈秀安排的。
冯铨十九岁中进士，入选翰林院庶吉士，万历四十四年（1616年）授翰林院检讨。[3]他与其父冯盛明同朝为官，人称“小冯”或“小冯翰林”。
天启元年（1621年），在河南左布政任上的冯盛明由于在后金入侵辽沈之时擅自离任，被河南巡抚张我续弹劾治罪。
冯铨上书为父伸冤，称其父乞休在未闻辽警之前，冯盛明遂被判处杖罢，冯铨也随父回籍。
天启四年，冯铨在魏忠贤前往涿州进香的路上于道路旁拜会魏忠贤，这时候的魏忠贤正想要一些帮手，就收下了冯铨，并且帮了他一把。
从此之后冯铨就帮助魏忠贤对付东林党，并且还帮助魏忠贤害死了杨涟等人。
天启六年（1626年）正月，冯铨进一步倾陷东林党人，由魏忠贤授意，以冯铨为总裁官，编修了篡改历史之《三朝要典》。
其时宦官李永贞曾将冯铨与魏忠贤的心腹宦官涂文辅相提并论，说：“内相有涂文辅，外相有冯振鹭，时事可知也。”
可见冯铨已是魏忠贤党羽中的头面人物。
四月，冯铨进少保兼太子太保、户部尚书、武英殿大学士。
不过冯铨成为魏忠贤手下大将之后，因为贪污严重，被崔呈秀嫉恨。
而且如今的朱由校正是需要钱的时候，此时不对付他，更待何时。
天启看了陈朝辅的弹劾，皱眉道：“这个冯铨可是魏伴伴推荐的，怎么这么喜欢钱？
你看看这弹劾，国家艰难之际，冯铨还如此奢靡，比朕过之而无不及！
如此人物怎么做阁臣，正好让他腾位置，先让孙师当个阁臣好了。
魏伴伴，你去找这个冯铨，献上银子，朕饶他一命。”
魏忠贤连忙跪下道：“老奴领旨！”
说罢，他便起身离去。
魏忠贤带着东厂的人，气势昂扬的前往冯铨的府上。
在宫里，他只是朱由校身边的一条狗，在太庙，那就是一只待宰的羔羊，但是在外面他就是权势滔天的厂公！
东厂番子一出现，所过之处为之一空，谁也不敢触东厂的霉头。
魏忠贤带着人来到冯铨府上，直接让人推门而入，至于门口的奴仆，早已经被番子架着一把刀，整个人跪在地上求饶。
魏忠贤大步走进去，很快就来到了前院的大堂之中。
此刻的冯铨正在后院听戏玩弄自己的小妾呢，管家慌里慌张跑到冯铨附近喊道：“老爷，厂公来了！”
“厂公来了？”冯铨疑惑了一下，他连忙推开小妾，戏曲也没心思听了，他连忙跑去前院的大堂。
他看到主位上的优哉游哉的魏忠贤，连忙跑过去跪下道：“厂公来了，您老提前说一声，小的好给厂公您接风啊。”
“呵！”魏忠贤冷笑一声，“振鹭啊，你这人挺聪明的，怎么这个时候犯浑呢？
你还想大张旗鼓的迎接咱家，你是觉得咱家死得不够快吗！”
“咚！”
魏忠贤直接把茶杯往桌子上重重一放。
冯铨虽然是跪在地上，但是被那一下吓得差点弹起来，他连忙磕头道：“厂公，还请您看在小的为您鞍前马后的份上，指点迷津！”
魏忠贤起身道：“你也是见过太祖显灵的，知道他老人家最不喜欢贪官。
现在弹劾你贪污腐败的奏折已经在皇爷面前了，连咱家也跟着吃了挂落。
哼，皇爷说了，你把钱财都交上去，阁臣之位辞掉，如此，还有一个好下场。”
冯铨大惊失色，他不择手段，出卖尊严混到了阁臣，这才几天呐，竟然要被打回原形？他怎么受得了！
他连忙保住魏忠贤的大腿道：“厂公，我知道错了，您帮帮忙，我还想为厂公效力啊！”
魏忠贤冷笑道：“冯铨，还是早点放弃的好，执迷不悟的话，牵连全家，你知道吗？”
“啊！”冯铨惊呼一声，全身的力气似乎被拔掉了，瞬间瘫软在地上。
魏忠贤临走前说道：“最好明日把此事做了，不然你就没有机会了。”说罢，转身离开了。
回去皇宫的路上，魏忠贤的心情好了许多，之前的压抑也都发泄掉了。
冯铨还算一个聪明人，他把贪污来的钱送去了内库，在魏忠贤警告之后的第二天就请辞。
冯铨一退，朱由校就让待在皇庄的孙承宗为阁臣。
此事让不少反对的阉党的人大为振奋，毕竟冯铨是魏忠贤手下的大将，如今冯铨走了，可见阉党出现颓势了。
于是不少人暗中准备着弹劾魏忠贤。
此事之后第二天，浙江巡抚潘汝桢的奏折引起惊涛骇浪，他建议给魏忠贤立生祠。
此事发生，虽然暗潮涌动，但是大家都在等着皇帝的动作。
没多久，浙江巡抚潘汝桢被斥责了一番，随后就没了动静。
不过在潘汝桢之后，浙江巡按也上书了，同样被朱由校下旨斥责。
至于魏忠贤，早已经被这两封奏折吓得人都傻了。
在朱由校拿着潘汝桢的奏折给他看的时候，魏忠贤当即跪在地上哭天喊地的求饶。
他能不怕吗？太祖高皇帝第一次见他的时候就已经警告了。
魏忠贤正是被朱园这样的提前警告给吓到了。
最后魏忠贤请求朱由校带他去太庙向太祖高皇帝请罪这才罢休。
不过魏忠贤很是记恨潘汝桢，此人让他在鬼门关走了一遭。
不过两次对魏忠贤不利的事情发生，这让不少人蠢蠢欲动！此刻正是痛打魏阉，扬名天下的大好时机！