弘光元年的春天，李肇基过的非常充实，他掀起了商社改革的浪潮。
军队的改革被排列在了第一位，陆军部和海军部率先成立，杨彦迪和陈六子分别担任司令。但随即就是陆军的裁减和海军的扩充，东方旅的裁减一开始阻力非常大，但很快人们就见到了李肇基的决心。
虽然陆军在裁减，但并不意味着士兵们会失业，大量裁减下来的士兵转成了海军，还有一部分人加入了近卫部队，这是李肇基回到淡水之后建立的一支新的军队，最后一批人，不想留在商社，或者回乡，或者加入到了郑森麾下。
近卫部队的建立让所有反对改革的人都闭上了嘴巴。
一开始，陆军裁减而海军扩充的时候，军官们聒噪没有立功的海军压倒了立功的陆军，但当近卫部队建立，大家终于明白，这是李肇基在集中权力，抓紧兵权。
前者还可以看做是军种之争，陆军海军的军官们都乱说话，不说话的人，反而会被怀疑忠诚，但随着近卫部队建立，舆论风向改变，这个时候再说话，就是挑衅李肇基的权威，会被怀疑对商社的忠诚。
而且，随着改革的推进人们也渐渐发现，李肇基只是为了节省开支罢了，并不是有意打压什么人。
绝大部分的军官都得以留任，没有留任的要么是发现了重大错误，要么就是想要退役回乡。这是因为每个军官都是商社的重要人才，职位的数量远远大于军官的数量，不得已提拔了一些功勋老兵担任基层军官。
没有人的正当利益受损，相反，海军和陆军都变的正规化，制度化。
陆军和海军的学堂率先被建立起来，李肇基需要用学校培养更多的合格军官，而不是在军队里传帮带和训练老兵。加入学堂的有两种人，一种是刚刚从士兵岗位上提拔起来的老兵，他们需要进入学堂学习军官所需要的知识，而另外一种人则是功烈亲眷以及归附贵人。
建立功勋的军官家的子弟可以进入军校学堂，阵亡于战场上的烈士遗属也可以进入学堂，另外则是各地归附商社的贵人子弟。
其中阵亡或因伤退役人员家的子侄较为特殊，他们的子弟，只有十四到十六岁的才可以进入学堂学习，而十六岁以上二十二岁以下的则直接加入近卫部队。
李肇基把亲随卫队扩编为了近卫团，这是一个小编制的部队，有一个步兵营，一个炮兵连和一个骑兵中队，虽然是团级单位，实际并未达到规模，而且是混编单位，要知道，步兵团里可没有炮兵和骑兵。
可以说，裁减陆军节约下军费和员额被分配给了其他的兵种，而不是退役回乡。
这支近卫团的团长官，李肇基选择了正处于风口浪尖上的刘顺来担任，而佐渡守备一职则交给了春树前去接任。
对于海军来言，最为重要的不是陆战队得到了扩充，而是海军完全正规化。虽然海军里仍然充斥着很多的亚哈特船型，但这些武装商船会渐渐被淘汰，转隶到商社海运部门，海军会以巡航舰和纵帆船重构舰队。
从此以后，海军不得再承担商业任务。但商社海运部门的舰船却可能随时被抽调进海军舰队里作为补充。
二月，淡水城。
李肇基家的餐厅里，拿出了家里最漂亮的瓷器，还从淡水最好的酒楼定了一桌菜，就是为了宴请一位尊贵的客人，赵文及。
“肇基呀，你可是把圣上给哄好了。知道老夫要来，天子还让老夫捎信一封。”李肇基从赵文及手里接过了一封信，一看，上面的火漆已经被除去，显然这封信被人提前看过。
李肇基也不以为意，毕竟大明的天子和一个外人通讯，总归是要谨慎的。
朱由崧在信中直接称李肇基为吾友，而说的也都是琐碎的事，一开始就是抱怨宫廷生活的无聊，再就是抱怨南京紫禁城的破旧。这南京紫禁城百年未修缮，只有慈禧殿还健全，而沈犹龙也没有好好修缮的意思，只是修缮了朝廷所用的殿堂，后宫没有动土的迹象。
朱由崧还抱怨沈犹龙限制他选妃，当然，这些就是朱由崧的胡说八道了，沈犹龙没有做到独揽大权，所以对皇帝非常的尊重，之所以限制其选妃，是因为朱由崧要选别人家的媳妇。
而其中两个，还是名人，一个便是钱谦益的老婆柳如是，一个是龚鼎孳的老婆顾横波。这两位秦淮八艳的老公都被吴三桂掳去辽东做了汉奸，顺势被沈犹龙打为了逆贼，全家都籍没为奴。
朱由崧曾听李肇基大谈秦淮美女，立刻把这两个女子召进了宫廷，结果被沈犹龙所阻拦。
朱由崧没办法，却也不肯放手，他在信里直言不讳的说，朝堂上大臣个个道貌岸然，却一肚子男盗女娼，这两位美女若是他撒手，还不知道被哪个不要脸的带回家。
显然，朱由崧知道自己的信会被偷看，故意在信中阴阳怪气。
于是，朱由崧非要自己处置这两个美女，先问了问自己的朋友陈上川要不要，又想赐给郑森，二人皆是不愿，最终朱由崧想起了李肇基，直接把两女送去了松江红楼，要李肇基得空了一并享用。
只是朱由崧也说明白了，顾横波寡廉鲜耻，气节人品，不足与李香君、卞玉京二女匹配，好在其美貌艳丽，不逊色于已经被李肇基‘收入囊中’的陈圆圆。
柳如是气度不凡，召她入宫时就曾要自杀，可与二女相配，但却是个买一送一，其给钱谦益生了一个女儿，坚持要带在身边。
“看到没，这就是我交的朋友了。当了皇帝了，还不忘了老朋友。”李肇基哈哈大笑，对朱由崧给的礼物相当满意，立刻就表示：“赵先生，待你回南京时，一定替我捎信一封，谢谢我这位朱兄。
朱兄大度啊，自己只娶黄花闺女，把熟女少妇都留给我。”
赵文及也听不出李肇基这话是夸还是贬，但他知道，沈犹龙知道了肯定会暴跳如雷。
朱由崧当了皇帝之后，果然甘心情愿的当个木偶，在朝廷大事上从来就不和沈犹龙对着干，但却在皇家事务上，总是找沈犹龙的不开心，弄的沈犹龙焦头烂额，却无所适从。
“赵先生，您说，我和咱这位天子才几个月交情，往日还没少欺负了他。他还记挂着我的好，咱沈犹龙沈大人呢？认识近三年了，过个年，都不说来封信，我派人去送年礼，你还把人拦在门外。
公开要和我撇清关系，什么人呀。”李肇基阴阳怪气的说道，他知道，赵文及虽然只是个幕僚，但前来淡水，肯定代表沈犹龙代表大明来的，他主动来，就是有事相求，李肇基不怕得罪他。
赵文及哈哈一笑，拿起筷子来夹菜，说道：“肇基啊，老夫脸皮厚，不怕你胡说八道，你说就是，老夫吃菜喝酒听着，权当是说笑话了。”
赵文及和李肇基实在是太熟悉了，这么些年共事下来，赵文及已经找到了两个与李肇基打交道的窍门。
其一，别和他耍心眼子，反正你没他心眼子多。
其二，别和他生气，你越生气，损失的越大。
李肇基见不奏效，说道：“赵先生，您来总归是有事，说说吧，什么事。”
“事多了去了，不如吃完再说？”赵文及说。
“边吃边说。”李肇基给他斟酒。
赵文及说：“这第一桩事，便是金门岛上的事，延平伯说，郑家的财富被你一扫而空。这可不好，你是延平伯的朋友，一向豪爽大气.......。”
李肇基立刻以食指顶住另一只手的掌心，说道：“别别，别给我戴高帽，没用。
我跟您把话说明白，郑家的银子，一两我也没拿。”
“耍赖皮，不承认？”赵文及问。
李肇基哈哈一笑，说道：“哪里有，郑家的银子，便是郑芝龙家的银子。而我在金门岛上得到的战利品，虽然也是郑家的银子，但却是大明逆贼，人人得而诛之的郑彩家银子。
虽然是一个郑，可人家不是一家人啊。
是，郑芝龙家的银子被郑彩抢了，你们大明想要回去，该去找郑彩要，郑彩在哪里呢，他去了日本，给日本鬼子当了打手。我抢的是郑彩的银子，和郑芝龙没关系，和郑森更没关系了。”
赵文及脸色严正：“同样一笔银子，经了郑彩一道手，就变成郑彩的了？”
李肇基从怀里掏出两个银币，说道：“这两个银币放在一起，你能给我说清，哪个是郑森家的，哪个是郑彩家的吗？
谁也分不清！
再者说了，郑芝龙家被抢，郑森该怎么办，他该向大明朝廷报案，让大明朝廷出兵剿贼，夺回家产。而我在金门岛打败了郑彩，得到的银子是我的战利品，该怎么办，该分给有功之臣。
谁有功？当然是我有功了，咱大明朝廷，非但不应该找我要银子，抢夺我的战利品，还应该奖励我的战功。”
赵文及听着他满嘴的歪理，知道这钱是要不回来了，索性也就不要了，反正这也不是必须要完成的任务。
“打住，打住，这事不说了行不？别闹到最后，老夫一两银子没要回来，还要倒贴你几十万两。”赵文及连忙摆手。
李肇基笑呵呵的说：“还是赵先生大气，看在朋友的份上，那赏功的银子我不要了，咱们一笔勾销，再不谈这件事，谈钱多伤咱们两家感情啊。说第二件事吧。”
赵文及说：“第二件事，就是济州岛上的辽兵.......。”
对于辽镇兵马，一开始沈犹龙是不想用的，原因很简单，大明现在兵马不少，军饷却是有数的，他想要在五镇之外，建立忠诚于大明的经制之师，以为禁军，外平流贼，内震诸藩。
但他很快发现，现实与他想的大不一样。
建立一支新的军队，需要的可不只是钱，还有时间，他以为江北四镇和楚镇可以挡住流贼，实际却发现，诸镇之中，也就高杰部算是能打一些，其余的都是一群鱼腩，而且还不足额。
饶是大顺在直隶还在与满清死磕，但江淮、湖广一带的军队稍稍有所调动，就让五镇震动，甚至发生了弃藩地南逃的事。
当然，不仅是大明这样，占领四川的大西军也是如此，后世大名鼎鼎的李定国带着三万人进攻汉中，也被顺军三千人打的丢盔弃甲。